抗体药物开发工具汇总

chartly

序列相关

密码子表达优化：Jcat

http://www.jcat.de

核酸翻译为蛋白：Translate

https://web.expasy.org/translate



序列比对和搜索：NCBI Blast，Uniprot Blast，HMMER，HHblits

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://www.uniprot.org/blast

https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/phmmer

https://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhblits



序列比对的作图：ESPript， Jalview

http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/#

https://www.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html


蛋白质家族搜索：Tigr，pfam

http://blast.jcvi.org/web-hmm

http://pfam.xfam.org



引物设计的质量：MFEprimer

https://mfeprimer3.igenetech.com/databaselist

蛋白特性预测

突变影响功能预测：MutPred

http://mutpred.mutdb.org



突变热稳定性预测：AutoMute， PPSC， MUpro， cupsat， Eris， sdm， DFIRE， POPMUSIC， IMUTANT， MUTDB

http://proteins.gmu.edu/automute

http://structure.bmc.lu.se/PPSC

https://www.ics.uci.edu/~baldig/mutation.html

http://cupsat.tu-bs.de

http://eris.dokhlab.org

http://mordred.bioc.cam.ac.uk/sdm/sdm.php

http://sparks.informatics.iupui.edu/hzhou/mutation.html

http://babylone.ulb.ac.be/popmusic/

http://folding.biofold.org/i-mutant/i-mutant2.0.html

http://mutpred.mutdb.org/about.html

蛋白质pKa值预测：H++， Propka， Depth

http://biophysics.cs.vt.edu

http://propka.ki.ku.dk

http://mspc.bii.a-star.edu.sg/tankp/intro.html

蛋白质自聚集分析：AGGRESCAN

http://bioinf.uab.es/aggrescan

糖基化位点的预测：NetNGlyc

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc

信号肽位点的预测：SignalP

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP

核定位序列的预测：NucPred，cNLS Mapper



http://www.sbc.su.se/~maccallr/nucpred

http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi

蛋白质结构相关

相似结构搜索：PDBeFold



https://www.ebi.ac.uk/services

二级结构预测：CFSSP， GOR4， PORTER， PsiPred

http://www.biogem.org/tool/chou-fasman

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html

http://distill.ucd.ie/porter

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred



三级结构预测：I-TASSER，SwissModel

http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER

http://www.swissmodel.expasy.or

突变结构预测：RosettaBackrub

https://kortemmelab.ucsf.edu/backrub/cgi-bin/rosettaweb.py?query=index

短肽结构预测：PEP-FOLD

https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/PEP-FOLD



螺旋结构作图：Wheel，Helical_Wheel

http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/bioinformatics/Proteomic_tools/Helical_wheel

跨膜β 桶预测：BetAware

https://betaware.biocomp.unibo.it/BetAware



跨膜螺旋预测：TMpred，Phobius，TMHMM

http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html

http://phobius.sbc.su.se

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM



振动模式分析：Cabsflex2



http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSflex2/submittarget

无折叠区预测：DisEMBL，GlobPlot

http://globplot.embl.de


http://dis.embl.de


结构域的分割：DomainParser

http://compbio.ornl.gov/structure/domainparser

常用工具软件：PDBtools，PDBePISA

http://cao.labshare.cn/Tools/index.html

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa

ROSETTA软件：ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)

https://rosie.rosettacommons.org




免疫相关

可变区的识别：AbRSA， Abnum

http://aligncdr.labshare.cn/aligncdr/index.html

http://bioinf.org.uk/abs/abnum

三维结构预测：PIGS， ABodyBuilder

http://circe.med.uniroma1.it/pigs/index.php

http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/Modelling.php


抗体接触位点：proABC

http://circe.med.uniroma1.it/proABC

抗体序列搜索：IMGT/V-QUEST， IgBlast

http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/igblast.cgi

抗体序列数据：VBASE2， abYsis

http://www.vbase2.org

http://www.labshare.cn/biosoft

抗原表位预测：SEPPA3

http://www.badd-cao.net/seppa3



MHC多肽预测：NetMHCpan， NetMHC

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC

相互作用相关

相互作用热点预测：KFC2， HotPOINT

http://kfc.mitchell-lab.org

http://prism.ccbb.ku.edu.tr/hotpoint

蛋白蛋白分子对接：ZDOCK，QASDOM，PatchDock

http://zdock.umassmed.edu



http://qasdom.eimb.ru/qasdom.html


蛋白配体分子对接：CB-Dock，SwissDock，MTiOpenScreen

http://cao.labshare.cn/cb-dock

http://www.swissdock.ch/docking

http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/MTiOpenScreen

蛋白配体结合模式：PLIP, LigPlus

https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index

https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus



蛋白质口袋区预测：Depth， ConCavity, CavityPlus

http://mspc.bii.a-star.edu.sg/tankp/intro.html

http://compbio.cs.princeton.edu/concavity

http://www.pkumdl.cn/cavityplus

药物设计相关

药物聚集特性预测：ChemAGG

http://admet.scbdd.com/ChemAGG/index

药物药代特性预测：SwissADME

http://www.swissadme.ch


药物靶点蛋白预测：SwissTargetPrediction，HitPickV2, TargetNet

http://www.swisstargetprediction.ch

http://www.hitpickv2.com

http://targetnet.scbdd.com



数据库

核酸序列数据库：GenBank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank



蛋白序列数据库：UniProt, Swiss-Prot

http://www.uniprot.org

http://www.uniprot.org


蛋白质结构数据：RCSB PDB

http://www.rcsb.org

http://www.rcsb.org

蛋白结构增强集：PDBFINDER

http://swift.cmbi.ru.nl/gv/pdbfinder

常用小分子库集：Click2Drug

http://www.click2drug.org/directory_SmallMoleculesDatabase.html

抑制剂分子购买：Selleckchem

http://www.selleckchem.com

p://www.labshare.cn/drsp/index.php


无折叠蛋白质库：DisProt

https://www.disprot.org


肿瘤突变信息库：cBioPortal for Cancer Genomics

http://www.cbioportal.org

药物分子信息数据：PubChem，DrugBank ChEMBL

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov


https://www.drugbank.ca


https://www.ebi.ac.uk/chembl


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胜利者

好东西

chartly

看来抗体药物开发的人不多，大多都是小分子的

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chartly

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chartly

顶起来！！！

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mql6863

好东西，学习下

CHLuo8

总结的全面，谢谢分享